Die älteste urkundliche Erwähnung ist im 12. Jahrhundert (27.09.1124), allerdings sind auch frühere Siedlungsspuren aus dem 9. Jahrhundert nachgewiesen. Damit zählt Benninghausen zu den ältesten Stadtteilen Lippstadt. 1240 wurde das Kloster Benninghausen gegründet. Die Geschichte Benninghausens ist eng verbunden mit der Geschichte des Klosters und des Landschaftsverbandes Westfalen Lippe. So wurden die Gebäude bis 1804 als Kloster genutzt. Danach wurde ein Landarmen- und Arbeitshaus gegründet. Nach dem ersten Weltkrieg war es ein Hilfsgefängnis und auf dem Westhof entstand eine Einrichtung für Lungenkranke. Während des zweiten Weltkrieges wurden hier zusätzlich geisteskranke Menschen, politische Gefangene und lungenkranke Jugendliche aus dem KZ Moringen untergebracht. Nach dem zweiten Weltkrieg übernahm der LWL die Gebäude und eröffnete eine Landespflegeanstalt.

Heute befinden sich verschiedene Einrichtungen des Landschaftsverbandes in Benninghausen. Durch die unterschiedlichsten Einrichtungen im Ort entwickelte sich Benninghausen immer weiter, da dies viele Arbeitsplätze bot und sich die Mitarbeiter in und um Benninghausen niedergelassen haben.

Nach der kommunalen Neuordnung im Jahr 1975 wurde die bis dahin selbstständige Gemeinde Benninghausen in die Stadt Lippstadt eingemeindet.